第一层货运服务
香港空运货站(HACTL)，现时处理机场中约一半的货物量。而香港空运货站的总部“超级一号货站”占地27万平方米，耗资10亿美元兴建，由全自动化的航空货箱贮存系统控制，是世界上最大型只处理空运货物的设施，每年能容纳260万吨货物，同时亦是世界上单一最大的空运货站。
亚洲空运中心(AAT)，现时一年能处理150万吨货物(包括扩建后的一号及二号货运站)，并正扩建以应付更庞大的空运货物数量，打算兴建第三个空运货站。
DHL中亚区枢纽中心(DHL Central Asia Hub)，是香港国际机场第一座快递货运站，每小时处理量超过20,000个包裹及15,000件快递文件。
空邮中心(AMC)，由香港邮政营运，占地2公顷，耗资5.66亿港元兴建。中心设有先进的邮件机械处理系统，邮件分类、包装、装箱及运上航机的所有工序，均全部自动化。每天可处理邮件量为70万件。
第二层货运服务
海运码头，是24小时运作，年货运可达15万公吨，由 珠江海空联运有限公司营运。
机场空运中心，占地6公顷，总楼面面积为139,000平方米，提供货物仓储设施和物流服务。
商贸港物流中心，由 商贸港香港有限公司营运，占地1.38公顷总楼面面积为31,400平方米，位于机场岛的南商业区，提供物流服务。